毛細管電泳儀包含以下組件。
陰極（帶負電的電極）
帶正電的電極陽極
電場的電源
陰極和陽極端的緩沖液分別稱為陰極液和陽極液。
毛細管**大尺寸為25mm**100mm
一個檢測器和輸出設備
高壓電源從每側連接到陽極和陰極。電極感應電場。該感應電場引發樣品離子通過毛細管的遷移。毛細管由熔融石英組成。有時也使用聚酰胺涂層毛細管。
 
將毛細管浸入含有電極和緩沖液或電解液的小瓶中。在將樣品引入色譜柱之前，需要沖洗毛細管。用UV-VIS光測量吸光度。在毛細管的陰極端附近有一個小窗口可以讓光線通過分析物。光電倍增管出現在毛細管的陰極端以獲得質譜。質譜用于測量當前離子物質的質荷比。
在一些毛細管儀器中還包含溫度控制裝置，因為樣品的分離取決于電泳遷移率以及隨著柱溫升高而降低的粘度。